Hallo Ulrich,
danke erstmal für Deine Tips, es hat aber leider nicht wirklich was gebracht.
In der *.hhc-Datei bleibt tatsächlich der alte Inhalt erhalten, bis das Projekt geschlossen und wieder geöffnet wird, danach sind aber keine falschen Verweise enthalten.
In der Projektdatei habe ich auch nochmal mit dem Texteditior nachgeschaut, unter [FILES] sind nur die Dateien aufgeführt, die es seien sollen.
Letzlich habe ich die *.hhk-Datei kontrolliert, auch dort waren keine Verweise mehr zu finden.

Also scheint mir nichts anderes übrig zu bleiben, als meine HTML-Dateien konsequent aufzuräumen.

Ich beschreibe hier aber mal, warum ich das alles machen will, denn vielleicht könnt Ihr mir ja auf die Finger klopfen, wenn ich komplett auf dem Holzweg bin.
Ich habe eine Online-Hilfe, die zur Zeit 5 Teile beinhaltet:
1. "allgemein"
2. bis 5. "Inhalt1" bis "Inhalt4"

Da mir die ganze Datei nun zu groß wird, möchte ich die Online-Hilfe in die einzelnen Teile splitten und über Merge-Files, nach der Kompilierung zu den *.chm-Dateien, zusammenfügen.
Meine ersten Schritte dafür waren:
- Einrichtung eines eigenen HTML-Verzeichnisses, damit nicht das im ersten Posting beschriebene Problem auftritt
- Kompilierung der Themen "Inhalt1" bis "Inhalt4" zu eigenständigen *.chm-Dateien
- Kompilierung des Themas "allgemein" zu der (Haupt)-*.chm-Datei, die als Merge-Files die *.chm-Dateien der Tehmen "Inhalt1" bis "Inhalt2" beinhaltet.

Bei meinem ersten Versuch hat das eigentlich geklappt, bis auf der angezeigte Inhalt: es wird nur der Inhalt des Themas der (Haupt)-*.chm-Datei angezeigt, der Inhalt der Merge-Files nicht.
Das Index-Verzeichnis wird komplett angezeigt.

Ist das ungefähr der richtige Weg, damit ich bei der späteren Pflege der Online-Hilfe nicht immer die ganz große Datei aktualisieren muss>>>

» Hallo Jörn,
»
» » ich habe eine vorhandene Projektdatei *.hhp umbenannt, und diese
» » umbenannte *.hhp im gleichen Verzeichnis belassen.
» » Beim öffnen mit dem HTML-Workshop habe ich den Inhalt gekürzt, indem
» ich
» » Einträge mit "Delete Selection" im Bereich "Contents" gelöscht habe,
» die
» » Datei für das Inhaltsverzeichnis "*.hhc" habe ich in aktueller Form
» » abgespeichert.
» » Jetzt habe ich im Bereich "project" die "Topic Files", auf die im
» » aktuellen Inhaltsverzeichnis nicht mehr verwiesen wird aus der Liste
» » "Topic Files" entfernt.
» »
» » Jetzt das Problem, beim kompilieren wird mir in der *.chm zwar nur noch
» » der reduzierte Teil des Inhaltes angezeigt, aber bei der Kompilierung
» » konnte ich schon sehen, daß alle "Topic Files" (*.html und zugehörige
» » gif's), auch die nicht mehr in der Liste sind, mit kompiliert worden
» » sind. Sie sind dann zwar nicht sichtbar in der *.chm, aber aufgrund der
» » Größe der *.chm kann ich darauf schließen, das er alle "Topic Files"
» mit
» » eingepackt hat, warum>>>>
»
» Änderungen in den Dateilisten oder Dateistrukturen sollten möglichst
» vermieden werden. Man rennt sich meistens fest, da viele Dinge zu beachten
» sind und meist etwas vergessen wird.
»
» Hier taucht aber wahrscheinlich ein weiteres Problem auf. Hast du dir
» einmal den Inhalt der *.HHC mit einem Texteditor z.B. Notepad angeschaut>
» Sind die Themen wirklich gelöscht>
»
» siehe auch:
» Google groups posting
» zitiert:
» ..
» "The "Save" Icon on the "Contents" tab seems not to work for URL's ending
»
» with bookmarks like e.g. "#BoxProperties" appended by hand. After pressing
»
» the button (Icon "Save file") twice (sure!) and after closing Workshop
» complete (for testing) the saving file question dialog is coming up. So
» one
» project file is not saved - I think the HHC file."
»
» Wahrscheinlich muss nach dem Löschen der HTMLHelp Workshop einmal komplett
» geschlossen werden, da die Datei scheinbar über das Icon "Save file" unter
» "Contents" nicht gespeichert wird.
»
» Eine weitere Ursache kann folgende sein:
» Der Compiler integriert alle Dateien in die *.chm auf die Links aus allen
» verbliebenen HTML Dateien existieren. D.H. auch wenn die HTML Datei oder
» GIF Datei gar nicht mehr in der Section [FILES] vorhanden wird diese
» einbezogen. Du musst also die Dateien irgendwo sichern und aus dem
» HTMLHelp Projektverzeichnis löschen. Falls solche Links existieren sollten
» diese natürlich gelöscht werden.